台湾司法院は裁判官の専業化を進めるため、高等裁判所とその分院(支部)及び裁判官が30人未満の地方裁判所を除く全ての地方裁判所に知的財産関係案件を取扱う専門法廷・専門係を設置しなければならない、と指示した。

知的財産関係案件は専門的で特殊案件であり、各地方裁判所において知的財産専門資格を有する裁判官を優先的に起用すべきとされている。

2008年7月創設の知的財産裁判所が高等裁判所レベルに位置付けられるため地方裁判所で扱われる知的財産関係の民事・刑事事件は依然として多い。
「各級裁判所裁判官が審理する民事・刑事及び特殊な専門事件の年度司法事務分配方法」により、各裁判所が知的財産関係の新受事件を、専門法廷・専門係を設けて処理しなければならない。その法廷・係の数は裁判所長官が同所の業務量を踏まえて決める(民事・刑事は分けて計算される)。

例えば知的財産関係の年間受理件数が100件以下の場合、審理担当裁判官の指定を避けるため、二つの専門係を設けることが望ましい。
年間受理件数が100件以上の場合、民事又は刑事法廷に一つの専門係を増設する。

専門性の希薄化を避けるため、各裁判所における専門法廷又は専門係は二つの法廷又は六つの係りを上限とする。