マドリッドプロトコルの締約国であるインドは、インドにおける商標権を確保するため2つの「ルート」、すなわち国内ルート（国内出願）とマドリッドルート（国際登録出願）を提供している。

この2つのルートの特徴・プロセス・費用・保護範囲は少なくとも理論的にはほぼ同じであるが、実務的には若干の違いがある。
実務上の考慮点はすべて文脈的なものであり、一方のルートを選択する場合には、各事例の事実をそのような考慮点に照らし合わせて精査する必要がある。

例えば、国際登録出願は一元化されており、出願人は多数の指定国を効果的かつ簡便に管理することができる一方、国内出願が有利である一般的な要因もある。
例えば、国際登録出願におけるすべての指定国での権利存続は基礎出願に左右されることである。
この記事では、国際登録出願と国内出願の選択をより容易にする（あるいは少なくともよりよく情報を得る）ために、これらの既知の要因以外にも、いくつかの実際的な検討事項を列挙する。

先使用と使用意思
インドにおける商標の国内出願は、使用予定ベース（「使用意思ベース」とも呼ばれる）、またはインドにおける商標の先行使用に依拠して行うことができる。
後者を選択した場合、登録によって発生する権利は、主張された先使用日まで遡ることになる。
しかし、国際登録出願の場合、出願時に使用基礎を選択することはできないため、デフォルトで使用意思ベースでの出願となる。

審査の後期段階でも、デフォルトの使用意思ベースを修正して先使用主張を追加することは可能だが（現在、国内法定様式の補正書を提出することで可能）、これには追加費用がかかり、多少の遅れが生じる可能性がある。
さらに、インドでは、主張された先使用日は、出願の対象となる各クラスについて真実であると裏付けされなければならない。 
国際登録出願がマルチクラスであり、各クラスの先使用日が異なる場合、審査プロセスの後の段階で先使用主張を修正・追加するオプションがさらに面倒になる（あるいは不可能になる）可能性がある。

従って、登録を受けようとする商標がインドで既に相当程度使用されている場合、特にマルチクラス出願の場合は、これが決定要因として考慮されることがある。

特定のプロセスや手続きの利用不可
国内出願では可能な一部の手続が、国際登録出願では現在不可能なものがある。
例えば、マルチクラスの国際登録出願の分割はインド商標庁では現在不可能だが、国内出願では有効である。
世界知的所有権機関（WIPO）の注意事項とガイドラインによれば、分割請求はWIPOレベルではなく、現地の商標庁で行わなければならず、インドを指定した国際登録出願の分割請求は現在できないことになっている。
つまり、国際登録出願のインド指定については、理論的にはこの選択肢があっても実質的には無意味である。
その結果、マルチクラスの国際登録出願において、インド指定のクラスのいずれかに拒絶または異議申立があり、他のクラスには異議がない場合、異議がない出願を遅滞から救うためにWIPOレベルで拒絶または異議申立を受けたクラスをすべて削除することが唯一の現実的な選択肢となる。
国際登録出願に関して、インドでは実務上の問題も解決する必要がある。
例えば、WIPOでは、出願人がWIPOで出願するか、現地の指定商標庁で出願するかを選択できるようになっているが、インド商標庁でWIPO様式を出願するための手続きやプロセスがないことがその良い例だろう。

とはいえ、国際登録出願では、すべての「標準的」なプロセスや手続が何の支障もなく利用可能である。
しかし、国際登録出願（特にマルチクラス出願）が何らかの理由で通常とは異なる障害にぶつかることが予測される場合、国際登録出願にするか国内出願にするかを決定する際に、これらの要因を検討することができる。
結局のところ、国際登録出願に関する法律と現実的に可能な選択肢との間にあるわずかな差異が、出願人の意表を突き、インドを指定する国際登録出願を成功させスムーズに登録するプロセスを（たとえ一時的にでも）頓挫させる可能性があるということである。

時間枠
インドを指定した国際登録出願の進捗を誘導するためには、法令で定められた時間制限があるが、これは登録プロセスの最初の数段階にのみ適用される。
2017年以前は大きな「専門的な」要因であり、国内出願は精査と審査の初期段階を超えるために長い遅延に直面していた。
2017年以降に商標庁での手続きが刷新されデジタル化された結果、国内出願が最初の精査を受けるための時間枠は大幅に短縮され、現在では国際登録出願と同程度のものとなっている。
最初の数段階の審査を経た後、国際登録出願は国内出願と同等に扱われ、登録に向けて同じ速度で進んでいく。

最後に、国際登録出願が直面する異議や行政処分を克服するためには、現地弁護士を選任する必要がある。
異議申立に対応するために与えられた期間は約1ヶ月以内であり、現地弁護士を選任し、戦略を立て十分に対応する時間がそれほどない場合があります。

上記の検討にもかかわらず、どちらのルートを選択すべきか不明な場合、出願前にインドで行われる「クリアランス」調査が有効である。
クリアランス調査では、通常、商標権者は（すべてではないにしても）多くの潜在的なハードルを知ることができ、これらのハードルが前述の検討事項のいずれかに当たった場合、タイムリーに軌道修正を行うことができる。