オムニバス法の改正により、商標・地理的表示法についてもいくつか改正されることとなった。
改正は3つのカテゴリに分けられる。

1. 絶対的拒絶理由
2. 実体審査
3. 商標登録証

2016年商標・地理的表示法第20条では、国家のイデオロギーや、適用される規則・法律、宗教的道徳、公序良俗に反するもの、記述的であるもの、誤解を招く情報を含むもの、識別性を欠くもの、共通の名称・公共標識を構成するものなど、非登録商標の絶対的な拒絶理由が規定されている。
現在、「商標が機能的な形態を含む場合は登録できない」という絶対的理由が追加された。
この追加についての公式な説明はなく、これ以上の情報や例は提供されていないが、主にトレードドレス／パッシングオフの保護が欠如していることが原因で、識別的でないパッケージを商標として申請する出願人が発生していたことと関連していると考えられる。

2016年商標・地理的表示法では、実体審査について公開期間終了後30日以内に審査を開始し、150日以内に完了しなければならず、最長で合計180日とされていた。
現在、関連規程では公開期間が終了した時点で実質的な審査期間が開始されるように改正され、異議申立があったものとそうでない出願とで区別されている。
異議があった出願については、90日以内に審査を終了しなければならず、一方で異議のない出願については、実質的な審査完了は30日以内と規定されている。
商標庁がこれらの法定スケジュールを満たすことができれば、インドネシアにおける商標出願の出願から付与までの総時間を大幅に短縮することができる。

商標登録証明書の発行は、2016年商標・地理的表示法では発行後18ヶ月以内に登録証明書を受け取らなかった場合、その商標は取り下げられたものとみなされ登録簿から削除されると規定されていたが。
この規定は現在削除されており、無効である。